Araştırma Makalesi
BibTex RIS Kaynak Göster

TÜRKİYE’NİN BİYOAKTİF TOHUMLU BİTKİLERİ VERİTABANI

Yıl 2023, Cilt: 47 Sayı: 3, 864 - 882, 20.09.2023

Sedef Özdemir Korkmaz Mehmet Ali Ege Bintuğ Öztürk Gözde Elgin Cebe

https://doi.org/10.33483/jfpau.1309030

Öz

Amaç: Bugüne kadar, tohumlu bitkilerin kimyasal içerikleri ve biyoaktiviteleri üzerine pek çok çalışma yapılmış olup, halen de yapılmaya devam edilmektedir. Ancak bu çalışmalar, farklı erişim kaynaklarında dağınık halde bulunmaktadır ve bu sebeple bilgiye erişim geç ya da eksik olabilmektedir. Bu nedenle bu çalışmada, Türkiye Florası tohumlu bitkileri üzerinde gerçekleştirilen biyoaktivite araştırmalarını kapsayan uzaktan erişilebilir, Türkçe ve İngilizce bir veritabanı oluşturularak bilgilerin sistematik olarak depolanması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Çalışmanın ilk aşamasında Türkiye Florası tohumlu bitkileri üzerinde yapılmış ve 1928-2018 yılları arasında yayınlanmış biyoaktivite araştırmalarına ulaşılarak, bunlar incelenmiştir ve bir bibliyografya hazırlanmıştır. Çalışmanın ikinci aşamasında ise biyoaktivite çalışmalarının içeriğinde yer alan bilgilerin aktarılabilmesi için web tabanlı veritabanı yönetim sistemi geliştirilerek elde edilen literatürün ve içeriklerinin veritabanına kaydı yapılmıştır. Son olarak da veritabanına kaydedilen içeriklerin analizleri gerçekleştirilmiştir.
Sonuç ve Tartışma: Yapılan taramalar sonucunda 1307 literatür bibliyografyaya dahil edilirken, bunların 1088’inin veritabanına kaydı uygun bulunmuş ve toplam 49.486 satır veri girişi yapılmıştır. Veriler detaylı incelendiğinde, 107 familyaya ait 430 cins ve 1594 taksonun biyoaktivite çalışmalarının kayıtlı olduğu görülmüştür. En çok taksonun yer aldığı familyalar ise Lamiaceae (307 takson), Asteraceae (271 takson) ve Fabaceae (125 takson) olarak belirlenmiştir. Veritabanına, 115 farklı aktivitenin kaydı yapılmıştır. En fazla sayıda taksonun; antimikrobiyal aktivite (962 takson), antioksidan aktivite (950 takson), sitotoksik aktivite (220 takson), antienflamatuar aktivite (160 takson) ve analjezik-antinosiseptif aktivite (113 takson) açısından araştırıldığı görülmektedir. En fazla biyoaktivite çalışmalarıının yapıldığı türler ise Urtica dioica (18 aktivite), Hypericum perforatum (17 aktivite) ve Cistus laurifolius (16 aktivite) olarak tespit edilmiştir. Lokalite kayıtları incelendiğinde en fazla taksonun İç Anadolu Bölgesinden, en az taksonun ise Güneydoğu Anadolu Bölgesinden temin edildiği saptanmıştır.

Anahtar Kelimeler

Biyoaktivite tıbbi bitki Türkiye Florası veritabanı

Kaynakça

  • 1. Süntar, İ. (2018). Tıbbi bitkiden bitkisel ilaca. Meslek İçi Sürekli Eğitim Dergisi, 41-42, 36-38.
  • 2. Öztürk, B., Ege, M.A. (2014). Türkiye’nin ilk sanal herbaryumu İZEF örneği ve sanal herbaryumların bitkisel ilaç hammaddesi araştırmaları açısından önemi. Marmara Pharmaceutical Journal, 18, 79-84.
  • 3. Baytop, T. (1999). Türkiye'de Bitkiler ile Tedavi (Geçmişte ve Bugün), Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, pp.13-62.
  • 4. Petrovska, B.B. (2012). Historical review of medicinal plants’ usage. Pharmacognosy Reviews, 6(11), 1-5. [CrossRef]
  • 5. Shah, B., Seth, A.K. (2010). Textbook of Pharmacognosy and Phytochemistry, Elsevier, Haryana, pp. 3-9.
  • 6. Mangal, M., Sagar, P., Singh, H., Raghava, G.P.S., Agarwal, S.M. (2012). NPACT: Naturally ocuuring plant-based anti-cancer compound-activity-target database. Nucleic Acids Research, 41, 1125-1129. [CrossRef]
  • 7. Lin, Y.C., Wang, C.C., Chen, I.S., Jheng, J.L., Li, J.H., Tung, C.W. (2013). TIPdb: A database of anticancer, antiplatelet and antituberculosis phytochemicals from indigenous plants in Taiwan. The Scientific World Journal, 2013, 1-4. [CrossRef]
  • 8. Sorokina, M., Steinbeck, C. (2020). Review on natural products databases: Where to find data in 2020. Journal of Cheminformatics, 12(20), 1-51. [CrossRef]
  • 9. Vetrivel, U., Subramanian, N., Pilla, K. (2009). InPacdb-Indian plant anticancer compounds database. Bioinformation, 4(2), 71-74. [CrossRef]
  • 10. Choi, H., Cho, S.Y., Pak, H.J., Kim, Y., Choi, J., Lee, Y.J., Gong, B.H., Kang, Y.S., Han, T., Choi, G., Cho, Y., Lee, S., Ryoo, D., Park, H. (2017). NPCARE: Database of natural products and fractional extracts for cancer regulation. Journal of Cheminformatics, 9(2), 1-9. [CrossRef]
  • 11. Sharma, A., Dutta, P., Sharma, M., Rajput, N.K., Dodiya, B., Georrge, J.J., Kholia, T., Bhardwaj, A. (2014). BioPhytMol: A drug discovery community resource on anti-mycobacterial phytomolecules and plant extracts. Journal of Cheminformatics, 6(46), 1-10. [CrossRef]
  • 12. Usman, A.A., Arooj, M., Tahir ul, Q., Tabeer, F. (2013). MAPS database: Medicinal plant activities, phytochemical and structural database. Biomedical Informatics, 9(19), 993-995. [CrossRef]
  • 13. Babaç, M.T. (2004). Possibility of an information system on plants of south-west Asia with particular reference to the Turkish plants data service (TÜBİVES). Turkish Journal of Botany, 28, 119-127.
  • 14. Bellikci Koyu, E. (2020). Doktora Tezi. Türkiye’nin etnobotanik veritabanı. Farmasötik Botanik Anabilim Dalı, Eczacılık Fakültesi, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye.
  • 15. Urhan, Y., Ege, M.A., Öztürk, B., Elgin Cebe G. (2016). Türkiye gıda bitkileri veritabanı. Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Dergisi, 40(2), 43-57. [CrossRef]
  • 16. Ünal, S. (2021). Yüksek Lisans Tezi. Türkiye’nin bitki toksisitesi veritabanı. Farmasötik Botanik Anabilim Dalı, Eczacılık Fakültesi, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye.
  • 17. Özdemir, S. (2022). Doktora Tezi. Türkiye’nin biyoaktif bitkileri veritabanı. Farmasötik Botanik Anabilim Dalı, Eczacılık Fakültesi, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye.
  • 18. Demirezer, L.Ö., Ersöz T., Saraçoğlu İ., Şener B. (Eds.), (2007). FFD Monografları–Tedavide Kullanılan Bitkiler, M.N. Medikal ve Nobel Tıp Kitabevi, Ankara, pp.1-314.
  • 19. Demirezer, L.Ö., Ersöz T., Saraçoğlu İ., Şener B. (Eds.), (2011). FFD Monografları–Tedavide Kullanılan Bitkiler, M.N. Medikal ve Nobel Tıp Kitabevi, Ankara, pp.1-748.
  • 20. Demirezer, L.Ö., Ersöz T., Saraçoğlu İ., Şener B., Köroğlu A., Yalçın F.N. (Eds.), (2017). FFD Monografları–Bitkiler ve Etkileri, Akademisyen Kitabevi, Ankara, pp.1-1122.
  • 21. Güner, A., Özhatay, N., Ekim, T., Başer, K.H.C. (Eds.), (2000). Flora of Turkey and The East Aegean Islands, Vol. 11, Edinburgh University Press, Edinburgh, pp.513-616.
  • 22. Güner, A., Aslan, S., Ekim, T., Vural, T., Babaç, M.T. (Eds.), (2012). Türkiye Bitkileri Listesi (Damarlı Bitkiler), Nezahat Gökyiğit Botanik Bahçesi ve Flora Araştırmaları Derneği Yayını, İstanbul, pp.1-929.
  • 23. Erdoğan, M.A., Bayar, C., Özkaya, E., Metin, A., Birim, D., Armağan, G., Demir, S., Elgin Cebe G. (2022). Neuroprotective effects of different Lavandula stoechas L. extracts against hydrogen peroxide toxicity in vitro. International Journal of Pharmacology, 18(5), 883-896. [CrossRef]

BIOACTIVE SEED PLANTS DATABASE OF TURKEY

Yıl 2023, Cilt: 47 Sayı: 3, 864 - 882, 20.09.2023

Sedef Özdemir Korkmaz Mehmet Ali Ege Bintuğ Öztürk Gözde Elgin Cebe

https://doi.org/10.33483/jfpau.1309030

Öz

Objective: To date, many studies have been conducted on the chemical content and bioactivity of seed plants and are still being conducted. However, these studies are scattered in different access sources and therefore access to information may be late or incomplete. Therefore, in this study, we performed literature on seed plants of the Flora of Turkey of the research bioactivity containing information as can be queried remotely accessible, systematic storage of information by creating a database of Turkish and English and is intended to ensure that information.
Material and Method: At the first stage of the study, bioactivity studies conducted on seed plants of the Flora of Turkey and published between 1928-2018 were accessed, deciphered and a bibliography was prepared. In the second stage of the study, a web-based database management system was developed in order to transfer the information contained in the content of bioactivity studies, the literature was obtained, and its contents were recorded in the database. Finally, the analysis of the contents recorded in the database was carried out.
Result and Discussion: As a result of the scans, 1307 literature was included in the bibliography, while 1088 of them were found suitable for registration in the database, and a total of 49.486 lines of data were entered. When the data were examined in detail, it was seen that bioactivity studies of 430 genera and 1594 taxa belonging to 107 families were recorded. The families with the most taxa were determined as Lamiaceae (307 taxa), Asteraceae (271 taxa) and Fabaceae (125 taxa). 115 different activities were recorded in the database. The largest number of taxa; antimicrobial activity (962 taxa), antioxidant activity (950 taxa), cytotoxic activity (220 taxa), anti-inflammatory activity (160 taxa) and analgesic-antinociceptive activity (113 taxa) are investigated in terms of. The species with the most bioactivity studies were determined as Urtica dioica (18 activities), Hypericum perforatum (17 activities) and Cistus laurifolius (16 activities). When the locality records were examined, it was determined that the most taxa were obtained from the Central Anatolia Region and the least taxa were obtained from the Southeastern Anatolia Region.

Anahtar Kelimeler

Bioactiviy database Flora of Turkey medicinal plant

Kaynakça

  • 1. Süntar, İ. (2018). Tıbbi bitkiden bitkisel ilaca. Meslek İçi Sürekli Eğitim Dergisi, 41-42, 36-38.
  • 2. Öztürk, B., Ege, M.A. (2014). Türkiye’nin ilk sanal herbaryumu İZEF örneği ve sanal herbaryumların bitkisel ilaç hammaddesi araştırmaları açısından önemi. Marmara Pharmaceutical Journal, 18, 79-84.
  • 3. Baytop, T. (1999). Türkiye'de Bitkiler ile Tedavi (Geçmişte ve Bugün), Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, pp.13-62.
  • 4. Petrovska, B.B. (2012). Historical review of medicinal plants’ usage. Pharmacognosy Reviews, 6(11), 1-5. [CrossRef]
  • 5. Shah, B., Seth, A.K. (2010). Textbook of Pharmacognosy and Phytochemistry, Elsevier, Haryana, pp. 3-9.
  • 6. Mangal, M., Sagar, P., Singh, H., Raghava, G.P.S., Agarwal, S.M. (2012). NPACT: Naturally ocuuring plant-based anti-cancer compound-activity-target database. Nucleic Acids Research, 41, 1125-1129. [CrossRef]
  • 7. Lin, Y.C., Wang, C.C., Chen, I.S., Jheng, J.L., Li, J.H., Tung, C.W. (2013). TIPdb: A database of anticancer, antiplatelet and antituberculosis phytochemicals from indigenous plants in Taiwan. The Scientific World Journal, 2013, 1-4. [CrossRef]
  • 8. Sorokina, M., Steinbeck, C. (2020). Review on natural products databases: Where to find data in 2020. Journal of Cheminformatics, 12(20), 1-51. [CrossRef]
  • 9. Vetrivel, U., Subramanian, N., Pilla, K. (2009). InPacdb-Indian plant anticancer compounds database. Bioinformation, 4(2), 71-74. [CrossRef]
  • 10. Choi, H., Cho, S.Y., Pak, H.J., Kim, Y., Choi, J., Lee, Y.J., Gong, B.H., Kang, Y.S., Han, T., Choi, G., Cho, Y., Lee, S., Ryoo, D., Park, H. (2017). NPCARE: Database of natural products and fractional extracts for cancer regulation. Journal of Cheminformatics, 9(2), 1-9. [CrossRef]
  • 11. Sharma, A., Dutta, P., Sharma, M., Rajput, N.K., Dodiya, B., Georrge, J.J., Kholia, T., Bhardwaj, A. (2014). BioPhytMol: A drug discovery community resource on anti-mycobacterial phytomolecules and plant extracts. Journal of Cheminformatics, 6(46), 1-10. [CrossRef]
  • 12. Usman, A.A., Arooj, M., Tahir ul, Q., Tabeer, F. (2013). MAPS database: Medicinal plant activities, phytochemical and structural database. Biomedical Informatics, 9(19), 993-995. [CrossRef]
  • 13. Babaç, M.T. (2004). Possibility of an information system on plants of south-west Asia with particular reference to the Turkish plants data service (TÜBİVES). Turkish Journal of Botany, 28, 119-127.
  • 14. Bellikci Koyu, E. (2020). Doktora Tezi. Türkiye’nin etnobotanik veritabanı. Farmasötik Botanik Anabilim Dalı, Eczacılık Fakültesi, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye.
  • 15. Urhan, Y., Ege, M.A., Öztürk, B., Elgin Cebe G. (2016). Türkiye gıda bitkileri veritabanı. Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Dergisi, 40(2), 43-57. [CrossRef]
  • 16. Ünal, S. (2021). Yüksek Lisans Tezi. Türkiye’nin bitki toksisitesi veritabanı. Farmasötik Botanik Anabilim Dalı, Eczacılık Fakültesi, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye.
  • 17. Özdemir, S. (2022). Doktora Tezi. Türkiye’nin biyoaktif bitkileri veritabanı. Farmasötik Botanik Anabilim Dalı, Eczacılık Fakültesi, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye.
  • 18. Demirezer, L.Ö., Ersöz T., Saraçoğlu İ., Şener B. (Eds.), (2007). FFD Monografları–Tedavide Kullanılan Bitkiler, M.N. Medikal ve Nobel Tıp Kitabevi, Ankara, pp.1-314.
  • 19. Demirezer, L.Ö., Ersöz T., Saraçoğlu İ., Şener B. (Eds.), (2011). FFD Monografları–Tedavide Kullanılan Bitkiler, M.N. Medikal ve Nobel Tıp Kitabevi, Ankara, pp.1-748.
  • 20. Demirezer, L.Ö., Ersöz T., Saraçoğlu İ., Şener B., Köroğlu A., Yalçın F.N. (Eds.), (2017). FFD Monografları–Bitkiler ve Etkileri, Akademisyen Kitabevi, Ankara, pp.1-1122.
  • 21. Güner, A., Özhatay, N., Ekim, T., Başer, K.H.C. (Eds.), (2000). Flora of Turkey and The East Aegean Islands, Vol. 11, Edinburgh University Press, Edinburgh, pp.513-616.
  • 22. Güner, A., Aslan, S., Ekim, T., Vural, T., Babaç, M.T. (Eds.), (2012). Türkiye Bitkileri Listesi (Damarlı Bitkiler), Nezahat Gökyiğit Botanik Bahçesi ve Flora Araştırmaları Derneği Yayını, İstanbul, pp.1-929.
  • 23. Erdoğan, M.A., Bayar, C., Özkaya, E., Metin, A., Birim, D., Armağan, G., Demir, S., Elgin Cebe G. (2022). Neuroprotective effects of different Lavandula stoechas L. extracts against hydrogen peroxide toxicity in vitro. International Journal of Pharmacology, 18(5), 883-896. [CrossRef]
Toplam 23 adet kaynakça vardır.

Ayrıntılar

Birincil Dil Türkçe
Konular Farmasotik Botanik
Bölüm Araştırma Makalesi
Yazarlar

Sedef Özdemir Korkmaz 0000-0001-5927-4952

Mehmet Ali Ege 0000-0002-4953-2812

Bintuğ Öztürk 0000-0002-4096-5582

Gözde Elgin Cebe 0000-0002-7253-3864

Erken Görünüm Tarihi 29 Ağustos 2023
Yayımlanma Tarihi 20 Eylül 2023
Gönderilme Tarihi 2 Haziran 2023
Kabul Tarihi 28 Temmuz 2023
Yayımlandığı Sayı Yıl 2023 Cilt: 47 Sayı: 3

Kaynak Göster

APA Özdemir Korkmaz, S., Ege, M. A., Öztürk, B., Elgin Cebe, G. (2023). TÜRKİYE’NİN BİYOAKTİF TOHUMLU BİTKİLERİ VERİTABANI. Journal of Faculty of Pharmacy of Ankara University, 47(3), 864-882. https://doi.org/10.33483/jfpau.1309030
AMA Özdemir Korkmaz S, Ege MA, Öztürk B, Elgin Cebe G. TÜRKİYE’NİN BİYOAKTİF TOHUMLU BİTKİLERİ VERİTABANI. Ankara Ecz. Fak. Derg. Eylül 2023;47(3):864-882. doi:10.33483/jfpau.1309030
Chicago Özdemir Korkmaz, Sedef, Mehmet Ali Ege, Bintuğ Öztürk, ve Gözde Elgin Cebe. “TÜRKİYE’NİN BİYOAKTİF TOHUMLU BİTKİLERİ VERİTABANI”. Journal of Faculty of Pharmacy of Ankara University 47, sy. 3 (Eylül 2023): 864-82. https://doi.org/10.33483/jfpau.1309030.
EndNote Özdemir Korkmaz S, Ege MA, Öztürk B, Elgin Cebe G (01 Eylül 2023) TÜRKİYE’NİN BİYOAKTİF TOHUMLU BİTKİLERİ VERİTABANI. Journal of Faculty of Pharmacy of Ankara University 47 3 864–882.
IEEE S. Özdemir Korkmaz, M. A. Ege, B. Öztürk, ve G. Elgin Cebe, “TÜRKİYE’NİN BİYOAKTİF TOHUMLU BİTKİLERİ VERİTABANI”, Ankara Ecz. Fak. Derg., c. 47, sy. 3, ss. 864–882, 2023, doi: 10.33483/jfpau.1309030.
ISNAD Özdemir Korkmaz, Sedef vd. “TÜRKİYE’NİN BİYOAKTİF TOHUMLU BİTKİLERİ VERİTABANI”. Journal of Faculty of Pharmacy of Ankara University 47/3 (Eylül 2023), 864-882. https://doi.org/10.33483/jfpau.1309030.
JAMA Özdemir Korkmaz S, Ege MA, Öztürk B, Elgin Cebe G. TÜRKİYE’NİN BİYOAKTİF TOHUMLU BİTKİLERİ VERİTABANI. Ankara Ecz. Fak. Derg. 2023;47:864–882.
MLA Özdemir Korkmaz, Sedef vd. “TÜRKİYE’NİN BİYOAKTİF TOHUMLU BİTKİLERİ VERİTABANI”. Journal of Faculty of Pharmacy of Ankara University, c. 47, sy. 3, 2023, ss. 864-82, doi:10.33483/jfpau.1309030.
Vancouver Özdemir Korkmaz S, Ege MA, Öztürk B, Elgin Cebe G. TÜRKİYE’NİN BİYOAKTİF TOHUMLU BİTKİLERİ VERİTABANI. Ankara Ecz. Fak. Derg. 2023;47(3):864-82.
 Kapak Resmi İndir

Kapsam ve Amaç

Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Dergisi, açık erişim, hakemli bir dergi olup Türkçe veya İngilizce olarak farmasötik bilimler alanındaki önemli gelişmeleri içeren orijinal araştırmalar, derlemeler ve kısa bildiriler için uluslararası bir yayım ortamıdır. Bilimsel toplantılarda sunulan bildiriler supleman özel sayısı olarak dergide yayımlanabilir. Ayrıca, tüm farmasötik alandaki gelecek ve önceki ulusal ve uluslararası bilimsel toplantılar ile sosyal aktiviteleri içerir.